クリニックは他の業種より公共性が求められる傾向があり、税金面で優遇されています。しかし、個人事業主と医療法人では、税金面などに違いがあります。個人クリニックは、法人格を持たない個人事業主になります。医療法人と違い、営利目的で活動が可能です。一方、法人格を持つ医療法人は、都道府県知事の認可された組織形態で、非営利組織という位置づけになるため、公共性が求められます。
一般的には、法人のため、個人クリニックより資金調達がしやすく、高額な設備投資ができ、経営が安定しやすいと言われています。また、代表者が後退してもクリニックを継続できるので、地域の医療サービスにも継続して貢献できます。
税金面においては、医療法人のほうがメリットが多いでしょう。
個人クリニックの場合、所得は「事業所得」扱いとなり、超過累進課税率（所得の金額に応じて税率が変動する方法）が適用されます。
一方、医療法人の場合、所得に対して法人税の2段階比例税率（固定税率）が適用されるため、所得が大きくなるほど個人経営よりも節税になるのです。
医療法人化したクリニックで院長婦人が働く場合、職務に応じた役員報酬の支払いも可能。給与は「医師医療法人」から支払われるため、課税軽減や所得分散を図れます。
個人クリニックと医療法人は、税金面以外における、メリット・デメリットがいくつかあります。
個人クリニックは、他の業種と同じように中小機構の小規模企業共済（事業主の退職金制度）・経営セーフティ共済（取引先の倒産に備えた事業資金貸付制度）に加入できます。これらの共済は、積み立て型にもかかわらず、掛け金が経費計上または所得控除できるため、節税対策にもなります。
個人クリニックは、個人事業主と同じように、獲得した利益の配分が自由にできます。儲かった月は、本人の土地分を増やしても問題はありません。
個人クリニックの場合、医療法人より公共性が劣っていると見られるために、対外的な信用で不利になる傾向があります。物件を借りる際の連帯保証人は個人事業主と別人にする必要があるなど、医療法人のように代表者を連帯保証人にすることができません。
医療法人は公共性があると見られるため、個人クリニックより対外的な信用で有利になる傾向があります。求人広告についても、個人クリニックより求職者からの信用が高く応募数も多くなります。
医療法人は、小規模企業共済・経営セーフティ共済の加入対象外になっています。役員や代表者の退職金の準備は、生命保険の活用など別の方法で用意する必要があります。
「医療法人は、余剰金を配当してはならない」と医療法第54条（※）に定められているため、役員報酬と受け取る分には問題ありませんが、個人クリニックのように、自由に利益を配分することはできません。
個人クリニックと医療法人を違い、メリット・デメリットについて紹介してきました。いずれの形態のクリニックも税制面では、優遇されるという特徴があります。それぞれのメリット・デメリットを考慮すると、スタートは個人クリニックで開業し、税金が増えたタイミングで医療法人化に拡大していくことをおすすめします。
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